A Interbourough Transit Company, empresa que pertencia ao alemão August Belmont, foi a responsável pela construção. Ele era o homem mais rico de Nova York (EUA) no início do século 20.
O projeto da obra leva a assinatura do general William Barclay Parsons. O engenheiro nova-iorquino trabalhou também na construção do Canal do Panamá.
As escavações dos túneis tiveram início em 24 de março de 1900 e levou 4 anos e meio para serem finalizadas. A inauguração do sistema ocorreu no dia 27 de outubro de 1904, às 14 horas.
Quem dirigiu o trem na primeira viagem do metrô foi o então prefeito George B. McClellan. O percurso ligava a rua 145, no bairro do Harlem, à Broadway.
Os empregados que participaram da construção eram em sua maioria italianos e irlandeses. Eles ganhavam 2 dólares por dia. Na época, os sindicatos não aceitavam negros. Os poucos que trabalharam nas obras desempenharam as funções mais perigosas.
Havia uma norma proibindo que os passageiros fumassem e cuspissem dentro dos trens, que possuíam assentos acolchoados e ventiladores de teto.
No primeiro ano de funcionamento, eram comuns ocorrerem incêndios, rompimentos de canos de água e desaparecimento de cães nos túneis do metrô.
Em 1915, a Sétima Avenida desabou por causa das obras do sistema. Um bonde acabou caindo dentro do buraco.
Entre 1941 e 1976, foi realizado o “Miss Metrô”, um concurso que elegia todo o mês a passageira mais bonita do meio de transporte. A vencedora tinha o pôster com seu rosto espalhado por todas as estações e vagões. A primeira Miss Metrô foi Mona Freeman, que se tornou atriz de Hollywood.
Em 1953, foi introduzido o token, moeda furada que servia de tíquete para o metrô. Ele saiu de circulação em 2003. O Metrocard, cartão magnético, entrou em vigor em 1997.
