O campeonato que reúne equipes de todos os Estados foi criado em 1989 por Eurico Miranda, então diretor de futebol da CBF. Ele elaborou a disputa para possibilitar que os times que não conseguiam chegar ao Brasileirão pudessem jogar contra os clubes maiores. A princípio, apenas os campeões e vices regionais disputavam, na base do mata-mata, o prêmio final: uma vaga na Copa Sul-americana. Atualmente, a Copa do Brasil dá direito a uma das cinco vagas brasileiras na Copa Libertadores da América.

Todos os estados têm participantes na Copa do Brasil: no mínimo um, no máximo três. Além do campeão e vice-campeão estadual, outros critérios podem ser utilizados para selecionar os participantes. Se há algum impedimento para que o campeão ou o vice-campeão estadual participem — caso, por exemplo, estejam participando da Copa Libertadores —, a federação do estado pode realizar um torneio específico para escolher seus participantes da Copa do Brasil.