Quatro dias antes do Pan, o esgrimista brasileiro Ivan Schwantes se feriu durante um treino. Ivan e seu irmão, Athos, praticavam alguns movimentos na sala de treinos, montada na Escola de Educação Física do Exército, no bairro da Urca. A espada de Athos se quebrou e sua ponta acabou atingindo Ivan na axila. O atleta foi submetido à uma operação de emergência para drenar o sangue do pulmão. Ele foi cortado da equipe no dia seguinte.
Um dia antes do início dos Jogos, a ponta do vôlei feminino Jaqueline Pereira de Carvalho foi cortada oficialmente da seleção. Jaqueline foi pega no exame antidoping feito pelo Comitê Olímpico Italiano. O exame acusou o uso da substância sibutramina, utilizada em medicamentos para emagrecer. A atleta afirmou que comprou um remédio para controle de celulite na Itália, mas que a farmacêutica lhe garantiu que era um produto natural. Essa não é a primeira vez que Jaqueline é cortada de uma grande competição. No Pan de 2003, ela teve uma trombose na mão e, nos Jogos Olímpicos de 2004, a atleta ficou de fora por causa de um problema no joelho.
O cavaleiro Jorge Ferreira da Costa, da equipe brasileira de adestramento, foi cortado da equipe no primeiro dia do Pan. Jorge teve uma grave intoxicação alimentar. Ele era o atleta mais velho dos Jogos Pan-Americanos, com 61 anos, e foi substituído pela atleta mais jovem do hipismo, Luisa Tavares, de 15 anos.
Assim que bateu o recorde brasileiro da categoria até 48 quilos, a levantadora de peso Aline Campeiro ficou tão empolgada que, durante a comemoração, acabou torcendo o joelho e teve que ficar de fora do resto da competição.
A ginasta Daiane dos Santos, umas das favoritas da competição de solo, foi dúvida na escalação até o início do Pan, devido a uma lesão no tornozelo, sofrida uma semana antes. A rápida recuperação permitiu que ela participasse das provas por equipe, mas no dia 16 de julho a lesão voltou a doer e Daiane teve que abandonar os jogos.
O levantador da seleção brasileira de vôlei, Ricardinho, foi cortado do grupo que disputaria o Pan assim que a equipe voltou da Liga Mundial, disputada na Polônia, onde havia conquistado o heptacampeonato. O técnico Bernardinho afirmou que o jogador foi cortado por mal comportamento e por ter chegado atrasado à concentração do Pan. Em seu lugar, o treinador convocou Bruno Rezende, que é seu filho com a ex-jogadora de vôlei Vera Mossa. Bernardinho e Bruno foram vaiados no jogo de estréia contra o Canadá.
