Foi previsto um orçamento de 409 milhões de reais para a construção dos ginásios e para a infra-estrutura do Pan. Mas os gastos chegaram a 3,2 bilhões de reais. Por causa disso, a Câmara Municipal do Rio aprovou, em 25 de maio de 2007, a abertura da CPI do Pan, que irá investigar as contas dos jogos.
A construção do Centro Esportivo João Havelange previa áreas para futebol, atletismo e outras instalações para treinamento olímpico. Como a Prefeitura não conseguiu apoio privado para tocar a ambiciosa obra, o centro de treinamentos precisou ser adiado. A previsão do custo dessa obra era de 60 milhões de reais, mas custou 380 milhões.
A Vila Pan-americana, um conjunto de prédios construídos para abrigar os atletas de 42 países, ocupa uma área de 420.000 m² próxima a Jacarepaguá. Os apartamentos possuem de três a quatro suítes e foram vendidos depois das competições.
Em 6 de fevereiro de 2007, o operário Odair Dama da Silva morreu depois de cair nas obras do estádio olímpico do Centro Esportivo João Havelange. O trabalhador chegou a receber atendimento e foi levado ao hospital ainda com vida, mas não resistiu aos ferimentos.
No dia 2 de março, os operários que trabalhavam na obra do Centro Esportivo João Havelange entraram em greve. Os funcionários reivindicavam comida e água potável.
