Um mês depois de sua chegada, em 25 de janeiro de 1554, foi inaugurado o colégio jesuíta da Vila de Piratininga, data hoje comemorada com a da fundação de São Paulo. Escreveu Anchieta: “Celebramos em paupérrima e estreitíssima casinha a primeira missa, no dia da conversão do apóstolo São Paulo, e por isso dedicamos a ele a nossa casa”. Ali moravam 13 jesuítas que tinham a sue cargo duas aldeias de índios com quase mil pessoas. Ele viu Piratininga ser atacada pelos tupis numa luta que durou dois dias. Com a ajuda dos índios convertidos, a vila resistiu e os tupis acabaram fugindo.
Anchieta se aplicava em escrever a primeira gramática “da língua usada na costa do Brasil”, o tupi-guarani, que seria publicada em Coimbra, Portugal, no ano de 1595.
Alguns biógrafos dizem que ele sofria de dores na coluna vertebral e que, ao tornar-se noviço, já andava arqueado. Outros garantem que uma escada da biblioteca do colégio caiu-lhe nas costas e, com o correr dos anos, as conseqüências do acidente o deixaram quase corcunda.
O jesuíta era um homem habituado a longas caminhadas. Percorria a pé, em menos de 24 horas, o trajeto de 100 quilômetros entre a aldeia de Reritiba, ponto remoto do litoral da capitania do Espírito Santo, onde morava, e o Colégio São Tiago, residência oficial dos jesuítas em Vitória, na segunda metade do século XVI. Andava tão rápido que os índios o apelidaram de caraibebe, ou “homem de asas”, em tupi.
Quando morreu, em 9 de junho de 1597, aos 63 anos, na aldeia de Reritiba (hoje Anchieta), fundada por ele, os índios disputaram com os portugueses a honra de carregar o corpo dele até a igreja de São Tiago. Seus restos mortais ficaram lá até 1609. Na cidade foi criado o Santuário Nacional do Beato, que engloba a igreja Nossa Senhora de Assunção e o Museu de Anchieta.